Αν και τα τελευταία χρόνια η παραγωγή βιοκαυσίμων από ενεργειακά φυτά (σόργο, σόγια, σουσάμι, ελαιοκράμβη, jatropha, κ.α.) βρίσκεται στο επίκεντρο του τεχνολογικού, ερευνητικού και οικονομικοπολιτικού ενδιαφέροντος, η βιομηχανία παραγωγής βιοκαυσίμων αδυνατεί να ανταποκριθεί πλήρως, με βάση τις σημερινές συνθήκες, στην συνεχώς αυξανόμενη ζήτηση διατηρώντας ταυτόχρονα χαμηλό το κόστος παραγωγής. Έτσι, παρουσιάζεται επιτακτική η ανάγκη εξεύρεσης μίας οικονομικά βιώσιμης και τεχνολογικά αποδεκτής λύσης πάνω στο φλέγον θέμα των καυσίμων που να μην επηρεάζει καθόλου τις παραδοσιακές καλλιέργειες τροφίμων.
Οι άλγες xαρακτηρίζονται σαν μικροσκοπικά βιολογικά εργοστάσια που χρησιμοποιούν τη φωτοσύνθεση για να μετατρέψουν το διοξείδιο του άνθρακα και το φως του ήλιου σε ενέργεια, τόσο αποτελεσματικά που μπορούν να διπλασιάσουν το βάρος τους πολλές φορές μέσα σε μια ημέρα. Για την ανάπτυξή τους κυρίως απαιτείται ηλιακή ενέργεια και διοξείδιο του άνθρακα. Το κύριο χαρακτηριστικό τους είναι η γρήγορη ανάπτυξη και η μεγάλη πληθυσμιακή πυκνότητα. Αρκετά είδη άλγεων έχουν μεγάλη περιεκτικότητα σε φυτικά έλαια (πάνω από 50% της μάζας τους επί ξηράς βάσεως) χαρακτηριστικό που επιτρέπει την περαιτέρω μελέτη της αξιοποίησής τους για την παραγωγή βιοκαυσίμων, ενέργειας και βιοχημικών προϊόντων. Επίσης, για την ανάπτυξή τους δεν απαιτούνται εκτάσεις που χρησιμοποιούνται για αγροτικές καλλιέργειες.
Η εκμετάλλευση της βιομάζας των άλγεων παρουσιάζεται ιδιαίτερα ελκυστική λύση, δημιουργώντας ταυτόχρονα μία νέα δυναμική στο χώρο των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας, καθώς συγκεντρώνει αρκετά πλεονεκτήματα σε σχέση με τις υπάρχουσες τεχνολογίες παραγωγής βιοκαυσίμων (πρώτης και δεύτερης γενιάς) από την καλλιέργεια ενεργειακών φυτών και την εκμετάλλευση λιγνοκυτταρινικών υλικών, αντίστοιχα.
Η εκμετάλλευση της βιομάζας των άλγεων όμως παρουσιάζει μεγαλες τεχνολογικές προκλήσεις για τη μείωση του κόστους παραγωγής. Οι προκλήσεις που εμφανίζονται είναι πολλές και αφορούν τόσο την βελτιστοποίηση της παραγωγής βιομάζας όσο και την εξαγωγή του βιοελαίου που περιέχει και την παραγωγή φθηνού βιοντίζελ.
Μια νέα μελέτη που παρουσιάστηκε στο Αμερικανικό Συνέδρειο Χημείας την περασμένη εβδομάδα εμφανίζει να επιλύει το θέμα της επεξεργασίας με τη χρήση στερεού καταλύτη σε αντιδραστήρα σταθερής κλίνης και την 40 % φθηνότερη παραγωγή βιοντίζελ. Ο Δρ. Ben Wen που έκανε την ανακοίνωση δήλωσε ότι αυτή είναι η πιο οικονομική τεχνική που έχει παρουσιαστεί μέχρι τώρα.
Τα βιοκαύσιμα από μικροάλγες θεωρούνται βιοκαύσιμα 3ης γενιάς καθώς θεωρητικά εμφανίζουν μεγαλύτερα οφέλη από αυτά της πρώτης (ενεργειακές καλλιέργειες) και της δεύτερης γενιάς (λιγνοκυτταρινικά υλικά). Πολλές μεγάλες εταιρείες καθώς και ο αμερικάνικος στρατός (DAPRA) έχουν επενδύσει ερευνητικά στο θέμα της παραγωγής βιοκαυσίμων από μικροάλγες. Μάλιστα πριν από 1-2 μήνες έγινε η πρώτη πτήση επιβατικού αεροπλάνου χρησιμοποώντας αποκλειστικά jet-oil που προερχόταν από μικροάλγες.